A Puzzle Agent történetben egy  kisvárosba kell utaznia Tethers nevű FBI ügynökünknek, hogy megfejtse, miért állt meg a termelés az ottani radírgyárban, amely az Egyesült Államok elnökét is aggasztja. A nyomozás során, furcsa ki gnómok tűnnek fel számtalan rejtvény, logikai feladat kíséretében. A humoros és élvezetes rajfilmszerű játék fő jellemzője a logikai feladatok különös ötvözete, melyekben a játékos új és újabb kihívásokra talál.